La historia de San Ignacio, este emblemático pueblo misionero, se remonta a la llegada de los jesuitas huyendo de los ataques Bandeirantes, quienes se dedicaban a la trata aborigen para la subasta como mano de obra esclava. Antonio Ruiz de Montoya lideró a un grupo de sobrevivientes guaraníes, diezmados tras un arduo peregrinar desde el Guayra (actual Brasil) por el río Paraná. Estos sobrevivientes refundarían Loreto y San Ignacio Miní, inicialmente en asentamientos precarios cerca del arroyo Yabebirí.
La consolidación del territorio tras la derrota definitiva de las bandeiras en Mbororé (1641) permitió la construcción de los asentamientos definitivos en los solares que hoy albergan los vestigios de estas edificaciones. En su apogeo, San Ignacio Miní llegó a albergar una población de 4.500 guaraníes.
Un punto de inflexión crucial en su historia ocurrió el 15 de agosto de 1768, cuando el capitán Francisco Pérez de Saravia, portando un decreto del gobernador Francisco de Paula y Bucarelli, notificó la expulsión de los jesuitas de los territorios españoles por orden del Rey Carlos III. La comisión, conformada por menos de diez hombres, incluyó soldados, un secretario, un administrador y dos monjes dominicos destinados a reemplazar a los tres jesuitas que servían en San Ignacio.
El P. Raimundo de Toledo, párroco de San Ignacio en ese momento, dedicó el día 15 de agosto a la meticulosa elaboración de un inventario de los bienes del pueblo y la iglesia. Este documento, de gran valor histórico, detalla con precisión la ornamentación, las alhajas, el ganado, los metales, los aposentos, las librerías y los talleres, ofreciendo una "instantánea" detallada de la vida en San Ignacio justo antes de su declive.
Al día siguiente, los sacerdotes jesuitas fueron escoltados al puerto para navegar hacia Itapúa, sin poder tocar puerto alguno en el camino. Los dominicos Fray Domingo Maciel y Fray Bonifacio Ortiz asumieron la atención espiritual, pero con la explícita prohibición de intervenir en asuntos económicos. La administración recayó en Ignacio Sánchez, nombrado por el gobernador Bucarelli, quien residió en el ex colegio y asumió el control de las labores económicas del pueblo. La inoperancia administrativa subsiguiente llevó al abandono de San Ignacio y sus escasos pobladores.
La historia posterior estuvo marcada por conflictos y cambios de dominio. Para 1811, varios pueblos misioneros, incluido San Ignacio, estaban en manos paraguayas. En 1817, Gaspar Rodríguez de Francia incendió los edificios y ordenó a los habitantes cruzar el río. A pesar de esto, guaraníes liderados por el cacique Antonio Christaldo se reasentaron en el lugar. Para 1820, el Capitán Nicolás Aripi custodiaba los pueblos del Paraná, sometiéndose a Ramírez y controlando la explotación de los yerbales, con su campamento en San Ignacio.
En diciembre de 1821, siguiendo órdenes de Gaspar Rodríguez de Francia, el Comandante de Itapúa, Norberto Ortellado, destruyó los pueblos misioneros de la costa del Paraná, incluyendo San Ignacio, que fue saqueado e incendiado, dejando poco del esplendor jesuítico.
Tras la anexión de Misiones por Corrientes, la región permaneció prácticamente deshabitada hasta alrededor de 1870, cuando contingentes no indígenas comenzaron a ocupar las zonas ribereñas. Este resurgimiento coincidió con el fin de la Guerra de la Triple Alianza y la separación definitiva de Misiones de Corrientes. La figura de Don Marcelino Buix, inmigrante francés, se destacó como referente local, siendo el primer delegado escolar designado en 1889.
La historia institucional formal comenzó con la mensura de Don Queirel en 1877, pero la dificultad del terreno impidió el éxito de la colonización oficial. El "pueblo nuevo" fue fundado el 18 de enero de 1907 con la llegada de colonos atraídos por el cultivo de la Yerba Mate, como Pablo Allain, Joaquín Alcaraz y los Herrera Vega. El "Oro Verde" impulsó la economía y el desarrollo de San Ignacio, atrayendo profesionales y acelerando su urbanización. Para esta época, la Escuela 15 y la Biblioteca Popular Patricias Argentinas se convirtieron en centros culturales.
En 1920, surgió el primer sindicato obrero de la yerba mate del país, con Eusebio Magnasco como principal activista. La influencia de escritores como Horacio Quiroga y Germán Dras, y del escultor Carlos Giambiagy, enriqueció el patrimonio cultural de la localidad.
El progreso material se consolidó en 1930 con la construcción de un puente sobre el arroyo Yabebirí. El moderno edificio municipal, cuya provisión de inmueble fue decretada por José Figueroa Alcorta en 1908, y la comisaría (1933), obra de Alejandro Bustillo, evidenciaron el desarrollo.
La Sociedad de Fomento, la cooperativa de servicios y la creación de la Escuela Normal en los años 60, junto al florecimiento del fútbol con la Liga Departamental, marcaron las décadas siguientes, culminando en las primeras obras públicas de pavimentación y alumbrado.
